La communauté internationale réagit tardivement : en avril 1994, le Conseil de sécurité réduit même la force de l'ONU sur place de 2 500 à 270 hommes. Ce n'est qu'à la fin du mois de juin 1994 que la France lance, sous mandat de l'ONU, l'opération Turquoise, fortement critiquée pour son ambiguïté. En juillet 1994, le FPR de Kagame prend le pouvoir ; à l'automne, l'ONU crée le Tribunal pénal international pour le Rwanda. En 2021, le rapport de la commission Duclert reconnaît des « responsabilités lourdes et accablantes » de la France.
Le conflit israélo-palestinien
Les années 1990 s'ouvrent sur l'espoir d'une résolution du conflit israélo-palestinien, avant que cet élan ne se brise sur une série de ruptures successives. En 1993, les accords d'Oslo, signés à Washington sous l'égide de Clinton entre Yasser Arafat (OLP) et Yitzhak Rabin, prévoient la reconnaissance mutuelle des deux parties et la création d'une Autorité palestinienne. En 1994, la Jordanie signe un traité de paix avec Israël. En 1995, l'accord intérimaire dit d'Oslo II découpe la Cisjordanie en trois zones (A : contrôle palestinien, B : contrôle mixte, C : contrôle israélien).
Le 4 novembre 1995, l'assassinat de Rabin par un extrémiste juif opposé aux accords marque un tournant décisif et brise l'élan d'Oslo. L'arrivée au pouvoir de Benyamin Netanyahou (1996-1999), farouche opposant aux accords, s'accompagne de la poursuite de la colonisation. Après l'échec du sommet de Camp David, la seconde Intifada éclate en septembre 2000, et le Hamas prend le contrôle de Gaza en 2007.
Le réveil nationaliste dans l'ex-URSS
En Géorgie, des guerres éclatent en Ossétie du Sud (1991-1992) et en Abkhazie (1992-1993). Ces deux territoires se proclament indépendants, protégés par la présence de soldats russes, et deviennent des États de facto prorusses, que Moscou reconnaît après la guerre de 2008. En Moldavie, la Transnistrie, territoire en grande partie russophone, fait sécession après une guerre en 1992 ; reconnue par aucun État membre de l'ONU, pas même la Russie, elle vit de son soutien politique, militaire et économique.
En 1991, une guerre éclate entre l'Arménie et l'Azerbaïdjan pour le Haut-Karabakh, territoire majoritairement arménien. Le conflit se solde en 1994 par une victoire arménienne, qui permet au Haut-Karabakh de fonctionner comme un territoire indépendant de facto, jusqu'à sa reconquête par l'Azerbaïdjan en 2020 et 2023, qui pousse plus de 100 000 Arméniens à l'exil. En Russie même, la Tchétchénie indépendantiste est écrasée par deux guerres (1994-1996, puis 1999-2009).
La guerre de Yougoslavie
La Yougoslavie, État créé en 1918, devenu fédéral et socialiste après 1945, est gouvernée par Tito jusqu'à sa mort en 1980. Après sa disparition, les tensions refont surface avec la montée des nationalismes. En 1989, Slobodan Milošević accède à la présidence de la Serbie avec l'ambition de créer une « Grande Serbie ». En juin 1991, la Croatie et la Slovénie proclament leur indépendance : la Slovénie l'emporte en dix jours, mais la guerre de Croatie, marquée par le siège de Vukovar, se prolonge jusqu'en 1995 ; la Communauté européenne reconnaît les deux pays dès janvier 1992.
En 1992, la Bosnie-Herzégovine déclare à son tour son indépendance, déclenchant une guerre particulièrement violente, qui fait environ 100 000 morts. Les forces serbes assiègent Sarajevo pendant près de quatre ans et commettent de nombreux crimes, dont le massacre de Srebrenica en juillet 1995 (environ 8 000 victimes, des hommes et des garçons musulmans), qualifié de génocide par la justice internationale. Le géographe Stéphane Rosière qualifie ce conflit de nettoyage ethnique : expulsion ou assimilation forcée d'une population pour contrôler un territoire. Les accords de Dayton (novembre-décembre 1995) mettent fin à la guerre.
Le Kosovo, province serbe peuplée à environ 90 % d'Albanais, en majorité musulmans, connaît des tensions croissantes depuis la suppression de son autonomie en 1989. En 1998-1999, la guerre oppose l'armée serbe à la guérilla indépendantiste : l'OTAN intervient en bombardant la Serbie, jusqu'à Belgrade, du 24 mars au 10 juin 1999, forçant les forces serbes à se retirer. Le Kosovo, placé sous administration de l'ONU, déclare son indépendance en 2008, que ne reconnaissent ni la Serbie ni la Russie.
Le TPIY : Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie (1993)Créé à La Haye par le Conseil de sécurité en mai 1993, il juge les responsables de crimes de guerre, de crimes contre l'humanité et de génocide commis depuis 1991 : 161 personnes y sont mises en accusation avant sa fermeture, fin 2017. Milošević est arrêté en 2001 et meurt en 2006 avant la fin de son procès. Radovan Karadžić est condamné en appel en 2019 à la réclusion à perpétuité, notamment pour le génocide de Srebrenica. Ratko Mladić (le « boucher des Balkans ») est condamné définitivement en 2021 à la réclusion à perpétuité.
De nouvelles menaces : prolifération nucléaire et islamisme
Malgré les efforts de désarmement (traités START), plusieurs États cherchent à se doter de l'arme nucléaire. En mai 1998, l'Inde puis le Pakistan procèdent à des essais nucléaires. La Corée du Nord menace dès 1993 de quitter le TNP, s'en retire en 2003 et réalise son premier essai en 2006. L'Iran accélère son programme, dont les installations secrètes sont révélées en 2002.
L'islamisme, idéologie politique visant à réislamiser les sociétés et à imposer la charia, monte en puissance, alimenté par l'échec des régimes nationalistes arabes et la révolution iranienne de 1979. Au Soudan, Omar el-Béchir prend le pouvoir en 1989 et installe, avec Hassan al-Tourabi, un régime islamiste qui renforce l'application de la charia. Les talibans prennent le pouvoir en Afghanistan en 1996.
En Algérie, une grave crise économique fragilise le régime du FLN. Quand le FIS (Front islamique du salut) remporte le premier tour des élections législatives, en décembre 1991, l'armée annule le processus électoral en janvier 1992 et instaure l'état d'urgence. L'islamisme bascule dans la lutte armée, notamment avec le GIA, qui frappe aussi la France en 1995. Ces « années noires » font de 100 000 à 200 000 morts selon les estimations. Une relative pacification intervient en 1999 avec la loi de concorde civile du président Bouteflika.
L'islamisme radical et le djihadisme transnational
Les années 1990 voient l'émergence d'un islamisme radical et djihadiste transnational, incarné par Al-Qaïda, fondée en 1988 par d'anciens combattants arabes du djihad afghan. En 1996, Oussama Ben Laden lance une déclaration de guerre aux États-Unis, exigeant leur départ d'Arabie saoudite. Le 7 août 1998, des attentats frappent les ambassades américaines au Kenya et en Tanzanie (plus de 220 morts). En octobre 2000, un attentat-suicide vise le destroyer américain USS Cole à Aden (17 marins tués).
Le 11 septembre 2001, les attentats de New York et de Washington, qui font près de 3 000 morts, marquent un tournant majeur dans les relations internationales : ils clôturent symboliquement la décennie 1990 et ouvrent une nouvelle ère.
Les années 1990 illustrent la tension entre l'espoir d'un monde unipolaire pacifié et la résurgence des nationalismes et des menaces asymétriques.